Kesuksesan Di Ajang DFB Pokal
Werder capai final DFB-Pokal pada 1989 serta 1990, serta menang pada 1991. Ini diiringi dengan memenangi Piala Winners Eropa pada 1991-92, menaklukkan AS Monaco 2-0 di final. [18] Pada 1992-93, team memenangi gelar Bundesliga ke-3 mereka serta memenangi DFB-Pokal ke-3 mereka di tahun selanjutnya. Werder jadi club Jerman pertama yang capai set group di Liga Champions UEFA yang baru bermerek pada 1993-94. [19] Musim itu lihat kembalinya yang terkesan menantang club Belgia Anderlecht, selanjutnya dipuji untuk salah satunya contoh dari "Wunder von der Weser" (bahasa Inggris: "Wonder of the Weser"). [20] Werder ketinggalan 3-0 sesudah 66 menit, saat mereka sukses mengubah permainan serta menang 5-3. Pada periode ini, Werder mempunyai beberapa pemain internasional, termasuk juga Mario Basler, Marco Bode, Andreas Herzog, Karl-Heinz Riedle, Wynton Rufer, serta Rudi Völler.
Bremen usai runner-up di Bundesliga 1994-95. Di akhir musim, Rehhagel tinggalkan club untuk Bayern Munich, sesudah rekor nasional 14 tahun di club. [22] Untuk manager Werder yang sangat sukses, Rehhagel memakai style permainan yang "dikontrol ofensif" dengan budget yang ketat selama saat pemerintahannya. [23] Penerus Rehhagel (Aad de Mos, Dixie Dörner, Wolfgang Sidka, serta Felix Magath) tidak bisa bawa perak ke club. Pada Mei 1999, bekas bek serta pelatih muda Werder Thomas Schaaf menggantikan. Ia menjaga team di Bundesliga, serta memenangi DFB-Pokal cuma beberapa minggu selanjutnya, menaklukkan Bayern lewat beradu penalti.
Performa liga Werder konstan di musim-musim selanjutnya, sebab mereka dengan cara reguler usai dibagian atas tabel. Pada 2003-2004, mereka memenangi ganda untuk kali pertamanya, memenangi Bundesliga serta DFB-Pokal, sebab Bremen jadi club ke-3 dalam riwayat Bundesliga untuk capai prestasi ini. [25] Team akan dengan teratur maju ke Liga Champions semasa 2000-an. Dalam laga paling akhir musim Bundesliga 2005–06, Werder menang 2-1 di saingan beratnya Hamburger SV untuk maju ke Liga Champions untuk runner-up, bukanlah Hamburg. [26] Bremen capai semi-final Piala UEFA 2006-07, dimana mereka tersisih oleh club Spanyol RCD Espanyol. [27] Pada 2008-09, Bremen berusaha dalam kampanye Bundesliga mereka, pada akhirnya mengakhiri ke-10, performa liga terjelek mereka dalam lebih satu dasawarsa. Akan tetapi, club capai final Piala UEFA, dan final DFB-Pokal. Werder kehilangan final Piala UEFA menantang team Ukraina Shakhtar Donetsk; 1–2 sesudah waktu penambahan. Di final DFB-Pokal, Bremen memiliki nasib lebih bagus, sebab mereka menaklukkan Bayer Leverkusen dengan score 1-0. Pada bulan April serta Mei 2009, Werder sudah mainkan Hamburg 4x dalam 19 hari; sekali di Bundesliga, di semi-final DFB-Pokal, serta 2x di semi-final Piala UEFA. Bremen menaklukkan Hamburg 2-0 di Bundesliga, serta singkirkan mereka dari DFB-Pokal serta Piala UEFA.
Semasa tahun 2000-an serta awal 2010-an, Werder mempunyai beberapa pemain yang dipasarkan dengan ongkos transfer besar, termasuk juga Diego, Torsten Frings, Miroslav Klose, Mesut Özil, serta Claudio Pizarro. Pada Oktober 2010, Pizarro Bremen jadi pemegang rekor pembuat gol asing paling tinggi dalam riwayat Bundesliga. [28] Liga usai yang menjemukan mengidentifikasi tahun 2010-an serta pada 2013, Schaaf tinggalkan club dengan kesepakatan bersama-sama sesudah tempat ke-14 yang menyedihkan di Bundesliga. [29] Musim 2015-16 Bundesliga lihat Werder hindari play-off kemunduran promosi-Bundesliga, menaklukkan saingan langsung Eintracht Frankfurt dengan score 1-0 di laga paling akhir musim ini, sesudah gol pada menit ke-88.
