Kondisi Klub Saat Perang Dunia Ke 2
Di antara akhir Perang Dunia Ke-2 serta pembangunan Bundesliga di tahun 1963, club terus tampil, disadari untuk satu dari dua team paling atas di Jerman utara, dengan Hamburger SV. Pada 1960-61, Werder sukses memenangi DFB-Pokal pertama mereka, menaklukkan 1. FC Kaiserslautern. Team ini terbagi dalam calon pemain internasional Sepp Pionirtek, bekas pemain internasional Willi Schröder, serta Arnold Schütz.
Tempat ke-2 di Oberliga Nord 1962-63, di belakang Hamburger SV, cukup untuk penuhi ketentuan untuk anggota pendiri Bundesliga 1963-64. [7] Gol pertama dari Bundesliga yang baru dibikin diciptakan oleh Borhelia Dortmund Friedhelm Konietzka menantang Werder. [8] Pada musim ke-2 liga, Werder memenangi kejuaraan nasional pertama mereka, mengakhiri tiga point dari 1. FC Köln. [9] Salah satunya bintang team ialah pemain internasional Jerman Horst-Dieter Höttges. [10] Werder usai runner-up di tahun 1967-1968, tapi selanjutnya mendekam dibagian bawah tabel semasa belasan tahun.
Pada April 1971, dalam laga tandang di Borussia Mönchengladbach, riwayat Bundesliga dibuat. Di menit ke-88, penyerang Gladbach Herbert Laumen jatuh di gawang Werder, sesudah tabrakan dengan penjaga gawang Bremen, Günter Bernard. Tiang gawang yang pas selanjutnya pecah, bawa semua gol ke bawah, serta tidak dapat diperbarui atau ditukar. Wasit hentikan laga dengan score 1–1, serta DFB selanjutnya memberi laga pada Werder dengan score 2-0. Untuk resikonya, gol kayu ditukar yang aluminium. [11] Usaha untuk tingkatkan dengan mengambil pemain bernilai tinggi membuat team mendapatkan panggilan "Millionenelf" (bahasa Inggris: "Million squad") serta rupanya adalah ketidakberhasilan yang mahal. Pada 1979–80, club itu terdegradasi dari Bundesliga untuk kali pertamanya, sesudah finish di rangking ke-17.
Team memenangi 1980-81 2. gelar Bundesliga Nord serta dipropagandakan kembali pada Bundesliga. Manager Otto Rehhagel diangkat pada April 1981, serta di bawah instruksinya, Werder menyembuhkan diri, saat Rehhagel selanjutnya pimpin team ke rangkaian keberhasilan. [13] Bremen ialah runner-up Bundesliga pada 1982-1983, 1984-85, serta 1985-86. Pada 1983 serta 1986, team kehilangan gelar 2x sebab beda gol. Di tahun 1986, Werder melayani Bayern Munich di laga ke-2 paling akhir musim ini; Bremen memerlukan kemenangan untuk amankan gelar Bundesliga ke-2 mereka. Di menit ke-88, dengan score 0-0, mereka dikaruniai sepakan penalti, yang diambil Michael Kutzop. Ia rindukan, waktu ia mengenai tiang gawang yang tepat; permainan usai 0-0. Bayern memenangi laga paling akhir mereka, tapi Werder kalah 1-2 dari VfB Stuttgart, serta Bayern merampas gelar. [14] Werder memenangi gelar liga ke-2 mereka 2 tahun selanjutnya, pada 1987-88, cuma kecolongan 22 gol waktu itu. [15] Mereka capai semi final Piala UEFA 1987-88, dimana mereka tersisih oleh Bayer Leverkusen. [16] Dalam putaran ke-3 Piala UEFA 1989-90, Bremen menaklukkan juara bertahan Napoli serta pemain bintang mereka Diego Maradona 8–3 dengan cara agregat, sesudah menang 5-1 di kandang.
